经颅磁刺激治疗，实际上并没有入国家医疗保险目录，但是不同医院收费价格可能差异比较大。如正规的三甲医院，包括像医院，时间基本上在一次半个小时，收费价格是在150元左右。还有医院稍微贵一点，但也基本不会超过300元一次。但某些私立医院收费价格有点虚高，而且是过高。
北京市某些私立医院敢收到一次3000元，做10次就要30000元，实际上如果在正规医院，会发现做一次的价格本可以做十几次甚至几十次。所以在选择医院的时候，一定要注意经颅磁刺激的标价，千万不要上当受骗。
当然价格也和做的次数有关系，做的次数越多，价格可能会相对要高。因为经颅磁刺激，不是做一次就能够治好。经常会做多个疗程，甚至每年每几个月都要来做1-2个疗程。总体来算，大概1年的费用会在4000-5000元。